In verreweg de meeste onderwijsvormen is de kennis die we willen overdragen opgeknipt in kleine eenheden. Stapje voor stapje wordt aan kinderen kennis aangeboden die, naar vaak pas veel later blijkt, onlosmakelijk met elkaar verbonden is. Het koppelen van die kennis tot logische gehelen laten we vaak aan de kinderen zelf over. Bij Natuurlijk Leren willen we dat omdraaien: kennis en vaardigheden worden opgedaan door te werken aan echte problemen en opdrachten. Wanneer kinderen proberen een probleem op te lossen of een vraagstuk, komen ze vaardigheden tegen die ze (nog) niet beheersen of ze ervaren een gebrek aan kennis. Dat roept leervragen op. De leerkracht springt daar vervolgens op in.
Op die manier is de kennis die kinderen opdoen altijd betekenisvol. Ze hebben het immers nodig om hun probleem op te lossen. Onderzoek heeft uitgewezen dat kinderen op die manier ook veel beter in staat zijn die kennis in andere situaties toe te passen. Kennisconstructie, heet dat.

Dat heeft als consequentie dat de basis van het onderwijs niet meer de klassikale benadering is, maar dat kinderen (van uit stamgroepen) groepsoverstijgend werken. Diverse leeftijden werken samen in unit. Een unit kent verschillende ruimten: een samenwerkruimte, een instructieruimte, een stilteruimte en een leerplein. In deze ruimten wordt aan verschillende activiteiten gewerkt:

• Een prestatie is een grote open opdracht die aansluit bij de interesse van het kind. Kinderen werken aan een prestatie altijd samen, want samen leer je meer dan alleen. Gedurende het werken aan de prestatie ontstaan leervragen, omdat kinderen iets niet snappen of wij zien dat er niet genoeg verdieping uit hun werk komt. Dat is dan het moment voor de leerkracht om een workshop aan te bieden.
• Onderzoeksvragen zijn gesloten vragen die uitdagen tot verdieping. Kinderen kunnen hier alleen, maar ook weer samen aan werken.
• Klussen zijn activiteiten die een directe relatie hebben met het werk van kinderen, bijvoorbeeld het opruimen van een ruimte.
• Workshops vervangen de oude instructie. Leerlingen kunnen vragen om een workshop, maar workshops kunnen ook aangeboden worden door leerkrachten.
• Portfoliogesprekken zijn bedoeld om de voortgang te meten en te bewaken. Een Leerkracht kijkt samen met het kind of de, vooraf bepaalde, doelen gehaald zijn. Op die manier blijft de ontwikkeling van het kind duidelijk voor leerkracht, maar ook voor het kind zelf!